補助金・助成金
ECサイト構築に使える補助金は？【2026年10月最新】持続化・デジタル化・AI導入補助金の使い分け
公開日 更新日
執筆・監修
WORXIA編集部
神奈川県厚木市のシステム開発会社。ホームページ・業務システムの開発と、補助金を活用したIT投資の計画づくりから実績報告までの支援をあわせて行っています。
「店舗の商品をネットでも売りたい」「今のネットショップを自社サイトに切り替えたい」というご相談が増えています。
ECサイトの構築に使える補助金は1つではありません。小さく始めるなら持続化補助金、決済や在庫管理などのツールを入れるならデジタル化・AI導入補助金、独自のECシステムで新しい事業を始めるなら新事業進出・ものづくり商業サービス補助金と、規模と目的によって合う制度が変わります。
この記事では、ECサイト構築で検討できる3つの補助金の違いと、選び方・注意点を解説します。
この記事の結論
- 小規模事業者が小さくECを始めるなら、持続化補助金のウェブサイト関連費が使いやすい
- 登録されたEC・決済ツールを導入するなら、デジタル化・AI導入補助金が対象になり得る
- 独自のECシステムで新事業を始めるなら、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金も候補
- どの制度も交付決定前の契約・発注は対象外。構築会社と契約する前に相談する
ECサイト構築に使える補助金は3つ
ECサイトに使える主な補助金は次の3つです。どれが合うかは、事業の規模と「何をつくるか」で決まります。
ECサイト構築で検討できる補助金
| 制度 | 向いているケース | ECの扱い |
|---|---|---|
| 小規模事業者持続化補助金 | 小規模事業者が販路開拓としてECを始める | ウェブサイト関連費として対象(上限あり・単独不可) |
| デジタル化・AI導入補助金 | 登録済みのEC・決済・在庫管理ツールを導入する | 登録ITツールなら対象 |
| 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 | 独自のECシステムで新しい事業・サービスを始める | システム構築費として対象になり得る |
対象になるかどうかは、公募回ごとの公募要領で確認が必要です。
「とりあえずネットで売ってみたい」のか「ECを新しい事業の柱にしたい」のかで、選ぶ補助金も、つくるサイトの規模も変わります。まずは目的をはっきりさせましょう。
小さく始めるなら:持続化補助金のウェブサイト関連費
小規模事業者持続化補助金では、ECサイトの構築費を「ウェブサイト関連費」として申請できます。商工会・商工会議所の支援を受けながら、販路開拓の計画をつくるのが特徴です。
持続化補助金(一般型 通常枠・第20回)のポイント
| 補助上限額 | 50万円(インボイス特例・賃金引上げ特例の活用で最大250万円) |
|---|---|
| 補助率 | 2/3(賃金引上げ特例を使う赤字事業者は3/4) |
| ウェブサイト関連費 | 補助金交付申請額の上限は30万円(税込) |
| 申請の条件 | ウェブサイト関連費だけでの申請は不可。ほかの経費と一緒に申請する |
ECだけでは申請できない
ウェブサイト関連費のみの申請は認められていません。商品撮影の外注や梱包資材、チラシなど、販路開拓に必要なほかの経費と組み合わせて計画しましょう(対象の区分は公募要領で確認が必要です)。
ツールを導入するなら:デジタル化・AI導入補助金
デジタル化・AI導入補助金(旧IT導入補助金)は、事務局に登録されたITツールの導入を支援する制度です。EC構築サービスや決済サービス、在庫・受発注管理などのツールが登録されていれば、対象になる可能性があります。
EC構築で関係しやすい枠
| 枠 | 補助額 | 補助率 |
|---|---|---|
| 通常枠 | 業務プロセス1〜3つ:5万円〜150万円 業務プロセス4つ以上:150万円〜450万円 | 1/2以内(最低賃金近傍の事業者は2/3以内) |
| インボイス枠(インボイス対応類型) | ITツール:〜350万円(1機能のみは〜50万円) | 補助額50万円以下:3/4以内(小規模事業者は4/5以内) 50万円超:2/3以内 |
出典:デジタル化・AI導入補助金2026 事務局。公募回により変わる場合があります。
ここがポイント
- 対象は事務局に登録されたITツールだけ
- 登録されたIT導入支援事業者と一緒に申請する
- サイトのデザインだけの制作費は対象にならない
新しい事業として本格的に:新事業進出・ものづくり商業サービス補助金
ECを使って新しい商品・サービスを始める、海外に販売するなど、事業そのものを広げる計画なら、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金も候補になります。2026年度に旧ものづくり補助金と新事業進出補助金が統合された制度で、独自のECシステムの開発費は「機械装置・システム構築費」として対象になり得ます。
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の枠
| 枠 | 補助額 | 補助率(中小企業) |
|---|---|---|
| 革新的新製品・サービス枠 | 100万円〜2,500万円(賃上げ特例3,500万円) | 1/2(最低賃金引上げ特例2/3) |
| 新事業進出枠 | 750万円〜7,000万円(賃上げ特例9,000万円) | 1/2(特例2/3) |
| グローバル枠 | 750万円〜7,000万円(賃上げ特例9,000万円) | 2/3 |
要件が厳しい点に注意
付加価値額の年平均成長率+4.0%以上、給与支給総額の年平均成長率+3.5%以上などの要件があります。単にサイトをつくるだけでなく、事業として成長させる計画が必要です。第1回の締切は2026年10月30日(金)18:00です。
補助金を使ったEC構築の進め方
目的と規模を決める
売る商品、ねらうお客さま、必要な機能(決済・在庫・会員など)を整理します。
制度を選ぶ
規模と目的に合う補助金と、公募の締切を確認します。
見積もりと計画づくり
構築の範囲と費用を固め、計画書の内容とずれないようにします。
申請・交付決定
交付決定までは契約・発注をしません。
構築・公開
交付決定後に契約し、ECサイトを構築して公開します。
実績報告と受け取り
報告後、補助金額が確定してから振り込まれます(後払い)。
ECサイトは公開してからが本番です。商品登録や集客の運用まで見越して、無理のない規模で計画するのがおすすめです。
WORXIAの補助金活用支援
補助金の計画と開発を、同じ窓口で
WORXIA
制度選びから並走
やりたいことに合う補助金と申請の時期を一緒に整理します。
計画と開発がずれない
開発を当社が担当するため、事業計画の内容と実際につくるものが一致します。
採択後の報告まで
交付決定後の開発から、実績報告に必要な資料づくりまで支援します。
- 対応分野
- ホームページ制作、ECサイト、予約・顧客管理などの業務システム、アプリ、AI導入
- 対応制度
- デジタル化・AI導入補助金、小規模事業者持続化補助金、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、省力化投資補助金 ほか
- 対応エリア
- 神奈川県厚木市を拠点に、オンラインで全国対応
- 申請書類
- 書類の作成代行は行いません。代行が必要な場合は行政書士への依頼をご案内します
よくある質問
ネットショップ作成サービスの月額料金も補助の対象になりますか?
デジタル化・AI導入補助金では、事務局に登録されたITツールであれば、利用料の一部が対象になる場合があります。対象期間などの条件は公募要領で確認してください。
持続化補助金でECサイトだけをつくることはできますか?
できません。ウェブサイト関連費のみでの申請は認められていないため、ほかの経費と一緒に申請する必要があります。
すでに構築会社と契約していますが、補助金は使えますか?
交付決定より前に契約・発注した費用は、原則として対象になりません。これから契約する部分があれば対象にできる可能性があるため、契約前にご相談ください。
独自のECシステムを開発したい場合はどの補助金ですか?
新しい商品・サービスや新事業として取り組むなら、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金が候補です。付加価値額や賃上げの要件があるため、事業計画とあわせて検討しましょう。
相談だけでも費用はかかりますか?
無料相談は費用がかかりません。使える可能性のある制度と、申請までのスケジュールをご案内します。
まとめ:補助金を使ったECサイト構築はWORXIAに無料相談
ECサイトの構築には、持続化補助金、デジタル化・AI導入補助金、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の3つが検討できます。小さく始めるのか、ツールを導入するのか、新事業として本格的に取り組むのかで、合う制度が変わります。
どの制度も、交付決定前に契約・発注した費用は対象外です。構築会社と契約する前に、使える補助金と進め方を確認しておきましょう。
WORXIAでは、ECの目的と規模の整理、制度選び、交付決定後の構築、実績報告の資料づくりまでを支援しています。「うちの規模ならどの補助金か」という段階でも、お気軽に無料相談をご利用ください。
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関連記事
参考資料
- デジタル化・AI導入補助金2026 事務局「デジタル化・AI導入補助金2026の概要について」
- 小規模事業者持続化補助金〈一般型 通常枠〉第20回 公募要領
- 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 第1回 公募要領
※ 本記事は 2026.10.18 時点の公開情報をもとに作成しています。補助額・補助率・スケジュールは公募回ごとに変わるため、申請前に必ず最新の公募要領をご確認ください。また、採択を保証するものではありません。